Bei der Restaurierung 1968/69 wurden durch allerdings nur auf den Chorraum beschränkte Grabungen mindestens 3 Vorläuferkirchen der heutigen Kirche nachgewiesen - bei schon bestehendem Turm.
Die heute vor uns stehende Kirche wurde 1616 unter Abt Martin I Meister erbaut. Zuvor hat dieser, durch den Erwerb der Grafschaft Bonndorf, einen bedeutenden Gebietserweiterungs- und Machtzuwachs erfahren.
Die Kirche nimmt kunsthistorisch eine besondere Stellung ein. Denn Beispiele mit einer so umfangreich erhaltenen gemalten Ausschmückung aus der späten Renaissance sind sehr selten.
Die Kirche war ehemals eine Wallfahrtskirche, in der Geisteskranke Heilung erhofften. Der Ursprung ist in einer Legende zu suchen, die in der Zeit des Abtes Rusten (1185-1125) gelegt wird. Sie soll hier der Vergessenheit ertrissen werden.
Im Jahr 2001 begann die Außenrenovation der Kirche St. Nikolaus mit 4 Bauabschnitten und wurde im Jahr 2008 abgeschlossen.
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